Nhân Nguyên vương hậu thuộc gia tộc Khánh Châu Kim thị (庆州金氏), một dòng họ phồn vinh có thủy tổ xuất xứ từ nước Tân La tên là Kim Át Trí (金阏智). Bà sinh ngày 29 tháng 9 (tức ngày 3 tháng 11 dương lịch), năm Túc Tông thứ 13 (1687), tại Dưỡng Chính trai (养正斋) là tư đệ của gia đình bà ở Thuận Hóa phường (顺化坊)[1]. Bà là con gái của Khánh Ân phủ viện quân Kim Trụ Thần (慶恩府院君金柱臣; 김주신) và Gia Lâm phủ phu nhân Triệu thị ở Lâm Xuyên (嘉林府夫人林川趙氏).

Bà có 2 em trai là Kim Hậu Diễn (金後衍) và Kim Cửu Diễn (金九衍); một người chị gái kết hôn với Quận thủ Lý Đức Lân (郡守李德隣), một em gái kết hôn với Doãn Miễn Giáo (尹勉教).